Zaštita od komaraca je različita u odnosu na stadijum razvitka komarca.
Biološka zaštita podrazumeva mere odbrane od komaraca dok su u stadijumu larve sa ciljem da se očuva čitave ekosistem i broj komaraca smanji na prihvatljivu meru. U zemljama u kojima je biodiverzitet očuvan, kontrola larvi je relativno visoka. Sa druge strane, u mnogim zemljama se dve vrste tropskih riba Gambusia affinis i Gambusia Holbrooki koriste kao prirodni predatori komaraca. Poribljavanje ovih vrsta koje su otporne na niske i visoke temperature i mogu da žive sa malo kiseonika, dovelo je do rešenja broja komaraca, ali i drugih problema. Ove živopisne ribe u ishrani koriste i mlađ drugih riba, te se njihova upotreba pokazala kao necelishodno rešenje za ekosistem, a od naziva „mosquitofish“, dobile su ime „fish destroyer“.
Bakterija Bacillus sphaericus uništava larve, otkriveno je još šezdesetih godina prošlog veka, ali ne u meri da bi bila u komercijalnoj upotrebi.
Ni prirodni predatori nisu dovoljno efikasni u borbi protiv komaraca. Ptice pojedu svega 3% komaraca, a ni slepi miševi, žabe, rakovi, vilini konjici, daždevnjaci, plosnati crvi, pauci, grinje, rakovi ne mogu da dovedu broj komaraca u optimalnu meru zbog izutetne vitalnosti i prilagodljivsti različitim uslovima života ovih malih insekata.
Kada je reč o odraslim komarcima, pored brojnih hemijskih sredstava koja su u upotrebi, izuzetno efikasni su ultrazvučni i uređaji na bazi UV svetlosti, a u potpunosti neškodljivi za okolinu.